提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
人才为乡村全面振兴提供支撑******
乡村振兴战略是党和国家优先发展农业农村的必然要求。一方面,实现乡村振兴,亟需懂农业、爱农村、爱农民的人才投身乡村建设,充分发挥人才支撑作用;另一方面,在推进乡村振兴战略的伟大实践中,必将促进乡村人才的产生和发展,为乡村人才振兴提供机遇和保障。
人才兴则国家兴。人才是社会进步的重要力量,乡村人才作为乡村建设的核心要素,能为乡村全面振兴提供有力支撑。在全面推进乡村振兴的过程中,人才振兴是关键。在接续奋斗乡村振兴进程中,要紧紧抓住“人才”这个关键,充分发挥好乡村人才的支撑和引领作用。
产业振兴依靠人才精进实干。乡村振兴的实施着力点在于“产业振兴、人才振兴、文化振兴、生态振兴、组织振兴”,产业振兴是乡村全面振兴的基础和关键,人才振兴是主攻方向之一,是决定影响乡村振兴的核心要素。推动产业振兴,实现强农兴农的目标必须发挥人才支撑作用,要从退伍军人、致富能手、农技人员等人群中选拔培育培育致富队伍,提高振兴产业、为民服务的本领。以产才融合创新产业发展理念,培养高素质乡村治理人才,提高产业效能,优化专业技术人才供给,丰富产业类型,培育新型职业农民创造产业活力,通过强化人才队伍建设助推乡村产业振兴。
文化振兴依赖人才塑造培育。实施乡村振兴战略,文化振兴是灵魂。乡村文化振兴不仅是乡村振兴战略的应有之义,而且对于乡村组织振兴、生态振兴、产业振兴、人才振兴具有重要引领和推动作用。乡村文化振兴的背后彰显的是教育的力量,需要具备人文方面学识和认知的乡村人才,发挥创造力传承乡村文化,改变乡村精神风貌,充分挖掘乡村蕴涵的文化资源,产生内驱力推动乡村文化振兴。要理解乡土文化、认同乡土文化、尊重乡土文化、热爱乡土文化,增强文化自信,同时要实现生活环境好和人文环境美,生态振兴依托具有相关知识能力的人才来作为担当,为乡村振兴提供良好环境。
组织振兴依赖人才执行落实。组织振兴是乡村振兴的保障条件。乡村治理有效关键靠组织,需要整合乡村中的各类先进组织力量,构建现代化的治理体系,均离不开乡村人才的智慧和力量。要注重从选派的驻村干部、大学生村官、返乡创业能手和致富带头人群体中,把那些政治素质过硬、能力本领高强、群众口碑好的选育成村级党组织负责人,选优配强村级班子。要始终把解决好“三农”问题作为全党工作重中之重,拓宽农村选拔吸纳干部人才渠道,选树好勤勉工作、敢挑重任、敢于担当的干部队伍,培养造就一支懂农业、爱农村、爱农民的“三农”工作队伍。(魏丹亚)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)